Theo các thống kê, tín đồ Phật giáo tại Việt Nam chiếm khoảng 70 đến 90 phần trăm dân số.[1][2][3][4] Các chính sách của Tổng thống Ngô Đình Diệm bị chỉ trích là thiên vị cho đạo Công giáo. Là một tín đồ Công giáo tại Việt Nam, ông đã ban hành các chính sách ưu tiên dành cho các tín đồ Công giáo. Các nhà sử học cho rằng chính quyền đã thiên vị các tín đồ Công giáo trong việc cung cấp dịch vụ công, thăng chức trong quân đội, phân bố đất đai, đặc quyền kinh doanh và miễn trừ thuế.[5]

Gia đình ông Diệm đã tiếp quản các doanh nghiệp thuộc sở hữu của các tín đồ Phật giáo nhằm làm giàu cho chính họ. Nhiều sĩ quan cấp cao trong biên chế quân đội Việt Nam Cộng hòa đã cải đạo sang Công giáo với niềm tin sự nghiệp quân sự của họ phụ thuộc vào việc này.[6] Trong một lần trò chuyện với một sĩ quan cấp cao (ông quên người này là Phật tử), ông Diệm từng nói rằng: "Nên bố trí các sĩ quan Công giáo vào các vị trí nhạy cảm. Họ là những người ta có thể tin tưởng".[6] Trong quá trình cung cấp vũ khí cho các tổ dân phòng chống quân du kích Việt Cộng, chỉ những người theo đạo Công giáo mới được nhận vũ khí.[7] Một số khu vực đã xảy ra các trường hợp cải đạo cưỡng bức, cướp bóc và bắn phá các ngôi chùa Phật giáo.[8] Một số làng Phật giáo chịu cải đạo hàng loạt để được nhận viện trợ hoặc tránh bị chính quyền ép tái định cư.[9]

Giáo hội Công giáo là tổ chức sở hữu lượng đất đai lớn nhất cả nước. Trong khi đó Phật giáo vẫn bị coi là tổ chức tư nhân do chính quyền Pháp thuộc áp đặt. Tình trạng trên khiến mọi hoạt động công cộng như xây dựng chùa chiền hoặc tổ chức các buổi lễ cần phải được phê duyệt từ chính quyền. Sau khi ông Diệm lên làm Tổng thống, quy định vẫn này không được bãi bỏ.[10] Đất đai do Giáo hội Công giáo sở hữu không bị ảnh hưởng bởi chương trình cải cách ruộng đất.[11] Trên thực tế, người theo đạo Công giáo không phải chịu nghĩa vụ lao động cưỡng bức mà chính quyền đặt ra cho tất cả người dân. Trong thời gian ông Diệm cầm quyền, Giáo hội Công giáo Roma được hưởng nhiều đặc quyền trong việc sở hữu bất động sản.[12] Quốc kỳ Thành Vatican thường xuất hiện tại các sự kiện công cộng quy mô lớn tại miền Nam Việt Nam.[13]

Ngày 7 tháng 5 năm 1963, các quan chức chính phủ đã áp dụng Đạo dụ số 10 (một đạo luật hiếm khi được thực thi từ năm 1958), việc này đã khiến cho cờ Phật giáo không được treo vào ngày lễ Phật Đản, ngày sinh của Thích-ca Mâu-ni. Việc thực thi Đạo dụ số 10 đã gây ra phẫn nộ trong cộng đồng Phật giáo, đặc biệt khi thời điểm thực thi lại gần sát lễ hội tôn giáo quan trọng nhất trong năm. Vì chỉ trước trước đó 1 tuần, người Công giáo lại được phép treo quốc kỳ Vatican trong lễ tấn phong Tổng giáo mục Ngô Đình Thục - anh trai của ông Diệm.[14][15] Tại thành phố Huế ngày 8 tháng 5, một đám đông Phật tử đã tụ tập biểu tình phản đối lệnh cấm treo cờ Phật giáo. Cảnh sát và quân đội đã giải tán cuộc biểu tình bằng cách khai hỏa và ném lựu đạn vào đám đông khiến 9 người thiệt mạng.[16][17]

Ông Diệm từ chối nhận trách nhiệm cho hành động của chính phủ trong vụ việc, thay vào đó đổ lỗi cho quân du kích Việt Cộng. Hành động này đã làm dấy lên sự bất bình trong cộng đồng Phật giáo, là tiền đề cho các phong trào biểu tình của các Phật tử, nhằm phản đối sự phân biệt đối xử tôn giáo của chính quyền. Sự kiện này về sau còn được gọi là 'Khủng hoảng Phật giáo', tạo ra phong trào bất tuân pháp luật kéo dài suốt tháng 5 tại miền Nam Việt Nam. Những cuộc biểu tình này đề ra mục tiêu là bãi bỏ Đạo dụ số 10 và đòi hỏi việc thực thi bình đẳng tôn giáo.[18][19] Trong thời kỳ Chiến tranh Lạnh, Hoa Kỳ (quốc gia viện trợ chính cho Việt Nam Cộng hòa) đã cử 16,000 cố vấn quân sự đến đây nhằm hỗ trợ quân đội Việt Nam Cộng hòa chiến đấu chống lại Việt Cộng, một phong trào nổi dậy nhằm thống nhất Việt Nam dưới chế độ cộng sản. Chính phủ Hoa Kỳ muốn mâu thuẫn với Phật tử được giải quyết sớm để tránh ảnh hưởng đến tinh thần của người dân và làm gián đoạn cuộc chiến với Việt Cộng.[20][21]